Ну, разницы нет как таковой. У тебя будет показан процент меньше и, да, будешь уязвим от падений сильнее (ведь средняя цена бумаги у тебя выше станет). Но твою прибыль фактическую никто не украдёт. Если откроешь на другом счете, то там будет просто такая же бумага, да и средний процент на бумагу суммарно будет одинаковый что в один портфель покупать, что в два.
Может ещё какие есть интересности, не знаю, рассуждаю с точки зрения математики.
Если у тебя бумага тут в долгосрок, а тебе спекуляций охота, то да, это второй счёт, спекулируй там сколько угодно, тебе легче будет процент отслеживать. А так разницы не вижу, имхо.