Комиссия считается отдельно. Разница меж брок счетом и ИИС в том, что брокерский - деньги понадобились - можно в любой момент всё распродать и вывести на карту, плюс если купил и держишь без продажи какие-либо акции 3 года и более, при продаже не платится ндфл за разницу, а ИИС - деньги "морозятся" на 3 года, но вычет до 52К в год с суммы до 400К либо вычет с прибыли за куплю-продажу акций. Как вариант, можно открыть ИИС и держать с нулем на счету, ближе к окончанию 3 лет уже "загружать" деньгами )