Не очень понятен вопрос про прибыль, заложенную в купон. Купон и есть Ваша прибыль и с нее надо заплатить налог 13%, то есть сколько денег получите купонами, со всей суммы будет налог. Второй ситуацией, когда возникает налог является продажа облигации по цене выше цены покупки. С этой разницы тоже надо будет платить налог.
Например, купил облигацию за 900 руб, за год получил купонами 90 руб. Налог на купонный доход: 90•13%=11,7 руб. Затем решил продать, облигация стоит уже 950 руб. Налог на прибыль: (950-900)•13%=6,5 руб.
Это примерно, чтобы понять суть. Там ещё есть тонкости.