Уточнил всё в техподдержке. В целом комментарии выше корректны.
Раз в год или при закрытии счета Тинькофф удерживает комиссию на доход со всех имеющихся счетов. Причем удерживает больше чем нужно и в течении 3 дней возвращает разницу. Берет собственно комиссию с любого удобного ему счета (в моем случае с того, с которого делал вывод).
Есть еще такой нюанс, что при быстром закрытии нескольких счетов комиссия может списаться дважды и только через 3 дня произойдет перерасчёт и деньги вернутся.
Спасибо