НК РФ ст.214.1 п.10 пп.11
Советую прочитать.
Если коротко: сумма, которую ты платишь за перенос маржинальной позиции, уменьшает твой финансовый результат не на сумму, которую ты заплатил.
К примеру, я шортанул 1 акцию
$GMKN с переносом, заплатил 25р. Закрыл позицию с разницей в 920р. Это финансовый результат. Его уменьшают комиссии: 22,12р за совершение сделок, получается 897,88; и за перенос позиции, но не 25р, как я наивно полагал, а лишь на 7,65р.
Как это считается, описано в статье НК, упомянутой выше.
А что оставшиеся 17,35р? В моем случае - ничего. Шорт был на ИИС, по нему у меня сейчас зафиксирован убыток, так что никак не влияет. Но если прибыль есть, то с них будет удержан налог, как если бы я получил этим деньги.