Комиссию на покрытие расходов фонда и вознаграждение УК рассчитывают ежедневно в процентах от стоимости активов фонда. Эти комиссии не списываются отдельной операцией и уже включены в стоимость паев на бирже.
В инструментах Тинькофф проблемы не с комиссиями, а с ошибками округления при покупке/продаже маленького количества лотов