Будут суммарно по итогу года складывать по всем акциям всю прибыль от продаж из него вычтут весь убыток по всем акциям, комиссии по сделкам. Если итоговая цифра будет плюсовая, то начислят НДФЛ 13% (или 15% на прибыль свыше 5 млн). Если отрицательная (т.е убыток по итогу года), то налога не будет.