После отключения стратегии вы получаете обычный счёт со всеми купленными бумагами. Дальше по желанию. Можете их держать, продать, или подключить другую стратегию на этот счёт (портфель пересоберётся по тарифу следования сам). Кстати, если подключите на счёт стратегию, которая на 100% в кэше, она продаст вам бумаги по тарифу стратегии. Такие можно поискать среди стратегий с нулевой доходностью.