Да, при продаже облигаций у Петра образуется убыток в размере 99 р., который он потом может "потратить" на уменьшение дохода по иным сделкам по ценным бумагам. Т.е. у Петра будет не только налог 13% с 100 000 (т.е. расход), но и налоговый актив в размере (13% с 99 000). В итоге, если у Петра много сделок и есть прибыльные, то налог у него в итоге будет 1000 * 13%. Если это единственная сделка, то да - двойное налогообложение.