На сегодняшний день контролирующим акционером Совкомфлота является Российская Федерация, ей принадлежит 82,8% акций. Ещё 1,6% составляет квазиказначейский пакет, принадлежащий дочке – СКФ Арктика. 15,6% акций находятся в свободном обращении и доступные на покупке на Мосбирже по тикеру FLOT